De första människorna bodde vid Lohilampi sjö redan stenålder men den permanenta bebyggelsen i Lohilampi formade i medeltiden. De tidigaste omnämnandena är från gränsstrider mellan Lohilampi och Kiikala byar 1400-talet. Lohilampi gårds egendom ökade under 1500-talet och till slutet av seklet var Lohilampi gård bys enda hushåll fastän det hade varit fyra hushåll i Lohilampi byn i början av seklet. Till 1600-talet hade Lohilampi gård blivit den rikaste gården i Sammatti. När indelningsverket inrättades i Sverige blev Lohilampi gård rusthåll som skyldighet var att sätta upp och underhålla en ryttare till militären.
Slutet av 1700-talet delades Lohilampi gård i två mellan bröder Gabriel och Juho Enqvist. Gabriel fick gårds dåvarande huvudbyggnad som fick namnet Vanhatalo ”Gammalgård” och Juho byggde en ny huvudbyggnad till sin gård som kallades Uusitalo ”Nygård”. Det berättades att det utbröt eldsvåda i Lohilampi 1770-talet och Vanhatalo huvudbyggnad förstördes. Huvudbyggnadens bas ligger troligen ännu vid gården. Året 1778 byggdes den nuvarande huvudbyggnaden som är byggd i österbottnisk stil som ett tvåvånigt bondehus. Dessa österbottniska stila bondehus finns några i Västra-Nyland eftersom österbottniska byggare gick genom området för att jobba i Sveaborg slutet av 1700-talet.
Familj Enqvist ägde Lohilampi gård genom den kända historian, men början av 1800-talet gifte Gabriel Enqvists dotter Christina sig med Johan Bergman (1780−1827) som blev ägare av Vanhatalo. Deras son likaså Johan Bergman (1819−1899) köpte Uusitalo slutet av 1800-talet och så enade igen Lohilampi gårdar. Hans son Johannes Lohilampi arbetade som jordbrukare i Lohilampi gård, höll handelsträdgården där och grundade museet med sitt namn i Lohilampi gårds huvudbyggnad året 1911. Samma år byggde han en ny jugend-stil huvudbyggnad som ligger bakom den gamla huvudbyggnaden. Lohilampis gamla huvudbyggnad blev dock inte obebodd. I den nedre våningen bodde personal som jobbade i Sammattis och Karislojos meijerikooperation. Under Lohilampis liv besökte museet huvudsakligen skolgrupper och inbjudna gäster liksom president Relander.
Efter Johannes Lohilampi avled ägde sitt dödsbo museet och museets bibliotek bodde sin son Juho Tammilinna början av 1940-talet. Lohilampis dödsbo sålde huvudbyggnaden till Sammatti kommun året 1945 och kommun öppnade museet till publik 1948.
Genom inkorporering av Sammatti och Lojo kommuner blev Lojo stad museets administratör året 2009.