Koulunkäynninohjaajan tehtävänä on ohjata ja tukea oppilasta koulunkäynnissä ja oppimisessa yhdessä opettajan kanssa. Avustaja edistää työssään koulun kasvatustavoitteita, oppilaan itsenäistä selviytymistä ja myönteisen itsetunnon kehittymistä. Lisäksi koulunkäyntiavustaja osallistuu oppilaan opetuksen ja kuntoutuksen suunnitteluun ja valmisteluun.
Koulunkäynninohjaajan työmuotona on sekä yksilö- että ryhmätyö. Ohjaajia työskentelee sekä yleisopetuksen opetusryhmissä että erityisopettajan tai resurssiopettajan kanssa pienryhmissä. Rehtori yhdessä oppilashuoltoryhmän kanssa kohdistaa koulukohtaiset ohjaajaresurssit niitä eniten tarvitseville oppilaille tai opetusryhmille.